吕梁市疾控中心是在撤销原吕梁地区卫生防疫站的基础上，于2004年8月组建成立，正处级建制，财政全额拨款事业单位。主要职责是疾病预防与控制，突发公共卫生事件应急处置，疫情及健康相关因素信息管理，实验室监测分析与评价，健康教育与促进等。中心共有编制50名，现有在职人员46人。内设12个科室，办公室、应急与传染病防控科、结核病防治科、地方病防治科、消毒与病媒生物控制科、健康教育科、公共卫生监测评价科、检验科、计划免疫科、艾滋病防治科、慢性病非传染病防治科、职业病防治科。新冠肺炎疫情在我市发生以来，吕梁市疾控中心日夜坚守在疫情防控一线排查、布控、化验、流调、消杀、宣教，为全市疫情防控早发现、早报告、早隔离、早治疗提供了坚实保障，为打赢疫情阻击战奠定了坚实基础，率先在全省实现了确诊病例、疑似病例首家清零。市委书记李正印多次在不同场合点名表扬吕梁市疾控中心的工作作风和工作实绩，市疾控中心也因此受到市人力资源和社会保障局、市卫生健康委员会的记功奖励。2003年7月，中共山西省委省政府授予山西省抗击非典“先进集体”；2003年6月，中共山西省委组织部授予全省防治非典型肺炎工作“先进基层党组织”；2004年12月，山西省爱国卫生委员会授予“卫生先进单位”；2008年6月，中华全国总工会授予抗震救灾重建家园“工人先锋号”；2009年4月，山西省劳动竞赛委员会颁发山西省“五一劳动奖”；2020年2月，吕梁市人社局和卫健委给予集体记功表彰。

　　2020年11月，荣获“2020年山西省五一劳动奖状”称号。